Trong thời gian gần đây, nhiều Cục Thuế địa phương đã có văn bản hướng dẫn chi tiết liên quan đến chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Mới đây, Cục Thuế tỉnh Ninh Bình đã ban hành Công văn số 2563/CT-NB với nội dung quan trọng: “Không chấp nhận việc thanh toán sau tiến độ hợp đồng để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.”
Trong bài viết dưới đây Kế toán Việt Anh sẽ phân tích cụ thể nội dung và hướng dẫn thực hiện đúng theo quy định.
1. Căn cứ pháp lý và hướng dẫn tại Công văn 2563 Thuế Ninh Bình
Theo Công văn số 2563/CT-NB của Cục Thuế Ninh Bình:
Trường hợp doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ trả chậm hoặc trả góp có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, nhưng đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ này.
Sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, nếu doanh nghiệp mới có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào nữa.
Như vậy, Cục Thuế Ninh Bình không chấp nhận việc thanh toán sau tiến độ hợp đồng (dù đã có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt) để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
2. Phân tích tác động và lưu ý cho doanh nghiệp
Công văn 2563 của Thuế Ninh Bình cho thấy xu hướng quản lý thuế ngày càng chặt chẽ hơn trong việc xác định điều kiện khấu trừ thuế GTGT.
Một số điểm doanh nghiệp cần lưu ý, việc thanh toán chậm hơn tiến độ hợp đồng có thể khiến doanh nghiệp mất quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Do đó, khi ký hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị trên 5 triệu đồng, doanh nghiệp cần ghi rõ tiến độ và hình thức thanh toán trong hợp đồng.
Thực hiện thanh toán đúng hạn, bằng chuyển khoản qua ngân hàng hoặc các hình thức không dùng tiền mặt hợp lệ. Nếu có nhu cầu gia hạn thời gian thanh toán, hai bên nên lập phụ lục hợp đồng bổ sung và ký trước hoặc tại thời điểm đến hạn, để đảm bảo tính pháp lý khi cơ quan thuế kiểm tra.
3. Mẫu phụ lục gia hạn thời gian thanh toán năm 2025
Phụ lục hợp đồng là một phần của hợp đồng chính, được dùng để bổ sung, sửa đổi hoặc quy định chi tiết một số điều khoản. Hiện nay, pháp luật chưa quy định mẫu cố định cho phụ lục gia hạn thời gian thanh toán.
Doanh nghiệp có thể tham khảo mẫu phụ lục gia hạn thời gian thanh toán năm 2025 dưới đây:

4. Kết luận từ Công văn 2563 Thuế Ninh Bình
Qua hướng dẫn của Công văn 2563, có thể thấy rằng cơ quan thuế đang siết chặt hơn điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đặc biệt đối với hàng hóa, dịch vụ thanh toán chậm, trả góp.
Doanh nghiệp cần:
-
Theo dõi kỹ tiến độ thanh toán hợp đồng;
-
Chuẩn bị chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đúng hạn;
-
Khi cần gia hạn, lập phụ lục hợp đồng kịp thời, đảm bảo tính pháp lý.
Kế toán Việt Anh khuyến nghị doanh nghiệp nên thường xuyên cập nhật các văn bản hướng dẫn thuế mới từ Cục Thuế các tỉnh để tránh rủi ro khi khấu trừ thuế GTGT.
Nếu bạn cần hỗ trợ kiểm tra chứng từ thanh toán hợp lệ, hoặc soạn phụ lục gia hạn thời gian thanh toán, vui lòng liên hệ sdt/zalo: 0943.692.442